Я думаю, это потому, что вы не используете правильную команду.Вы запускаете команду $ command, как в терминале, поэтому вам нужно добавить команду, указывающую, что у вас есть разрешение.Я думаю, что на CentOS это су.Например, в Ubuntu вы должны выполнить sudo -command -.
Поэтому попробуйте добавить su перед diff.
Edit:
Вы должны проверить здесь для правильного использованиясу: http://wiki.centos.org/TipsAndTricks/BecomingRoot