Похоже, что самый простой способ сделать это - установить флажок в своем собственном gtk.TreeViewColumn и иметь столбец данных, указывающий, виден он или нет. Видимый номер столбца передается в gtk.TreeViewColumn. См. Демонстрацию Tree View -> Tree Store, которая поставляется с Gtk + для более подробной информации.