вы проверили файл журнала mysql?
вы можете включить ведение журнала: /etc/my.conf
проверить, существует ли что-то похожее на 2 строки в разделе mysqld
[mysqld]
log-bin
log=/var/log/mysql/mysql.log
насколько велика ваша таблица myisam?
также существует ли конкретная причина, по которой вы используете таблицы myisam.Если нет особых причин, я бы настоятельно рекомендовал перейти на InnoDB (плагин InnoDB или Percona XtraDB)
InnoDB - это безопасный для хранения механизм хранения