На самом деле, вы можете построить всю базу данных без реальных FKs в MySQL. Если вы используете MyISAM в качестве механизма хранения, FK в любом случае не реальны.
Тем не менее, вы можете делать все объединения, которые вам нравятся, при условии, что ключи объединения совпадают.
Влияние на производительность зависит от того, сколько данных вы помещаете в ссылочную таблицу. Это занимает дополнительное время, если у вас есть FK в таблице и вы вставляете в нее данные или обновляете значение FK. После вставки или модификации необходимо найти FK в ссылочной таблице, чтобы обеспечить целостность ссылки.
На часто используемых таблицах, которым действительно не нужна ссылочная целостность, я бы просто использовал свободные столбцы вместо FK.
AFAIK InnoDB в настоящее время является единственным, поддерживающим реальные внешние ключи (если MySQL 5.5 не получил новые или обновленные механизмы хранения, которые также поддерживают их). Механизмы хранения, такие как MyISAM, поддерживают синтаксис, но фактически не проверяют ссылочную целостность.