Насколько я знаю, нет способа "умно" настроить сортировку товаров по дочерним категориям родительской привязанной категории. Это вполне логично, поскольку некоторые товары могут иметь одинаковую позицию в категориях братьев и сестер.
Столкнувшись с этой проблемой много раз, я всегда заканчивал тем, что привязывал все продукты к родительской категории и устанавливал порядок для этой категории ...