Загрузите jline отсюда и скопируйте jar в каталог, откуда загружен clojure.jar. Сценарий clj должен найти и включить его.
С другой стороны, если вы используете leiningen для организации своих проектов, что я от всей души рекомендую, вам не нужно ничего делать, кроме запуска lein repl
, и REPL начинается с ожидаемого поведения истории и все зависимости вашего проекта от пути к классам.