AFAIR, cmake Удовольствие; как разделитель списков, поэтому он ведет себя таким образом для свойств в соответствии с документацией.
НЕДВИЖИМОСТЬ [значение1 [значение2 ...]
Возможно, вам лучше попробовать что-то вроде этого - сделать строковую переменную, а затем попытаться заменить ее.
set(MY_PATH "\"d:\\\;.\\\\Lib\\\"")
set_source_files_properties(source.c PROPERTIES COMPILE_FLAGS ${MY_PATH})
НТН,
Сергей