в случае, если требуемое приложение запускается из AIR, вы можете использовать Native Process API, и все взаимодействия с приложением будут выполняться с использованием стандартных потоков процессов (in, out, err).
тогда как если приложение запускается отдельно, то я думаю, что одним из способов взаимодействия могут быть сокеты.