Работает нормально, пока файлы XML не имеют <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> и тегов DOCTYPE. Я бы переключился на xml.etree, но я уже написал довольно много кода, используя minidom. То же самое работает в Python.
Звучит как ошибка в минидоме Jython, но есть ли способ обойти это?