Если вы можете импортировать (из paste.deploy import loadapp) вручную, это должно быть проблемой с sys.path. Также убедитесь, что apache использует правильный интерпретатор python. У меня есть что-то вроде этого в моем "passanger_wsgi.py" на Dreamhost:
INTERP = "/home/myuser/bin/python"
if sys.executable != INTERP: os.execl(INTERP, INTERP, *sys.argv)
cwd = os.getcwd()
sys.path.append(os.getcwd())
sys.path.append('/home/myuser/blog')
Вы можете попробовать отладить и проверить, какие пути находятся внутри "sys.path".
Надеюсь, это поможет.