это то, что вы ищете?
xa = [1, 2, 3, 10, 1383, 0, 12, 9229, 2, 494, 10, 49]
xb = [1, 1, 4, 12, 1100, 43, 9, 4848, 2, 454, 6, 9]
xc = []
for i in range(0, len(xa)-1):
xc.append(xa[i] - xb[i])
print xc
выход:
[0, 1, -1, -2, 283, -43, 3, 4381, 0, 40, 4]
РЕДАКТИРОВАТЬ:
почему бы не взять процентную разницу для каждого значения, а затем усреднить их все:
from statlib import stats
xa = [1, 2, 3, 10, 1383, 0, 12, 9229, 2, 494, 10, 49]
xb = [1, 1, 4, 12, 1100, 43, 9, 4848, 2, 454, 6, 9]
xc = []
for i in range(0, len(xa)-1):
xc.append(abs(float(xa[i] - xb[i])/(xa[i] + xb[i])/2))
print stats.mean(xc)*100
если у вас нет statlib, вы можете получить его здесь