Мне интересно, как я могу использовать 2 окна, чтобы показать:
Каждое окно, которое вы создаете с помощью openCV, имеет строковое имя в cvCreateWindow Чтобы нарисовать в этом окне, вызовите cvShowImage с именем этого окна в качестве параметра.
Посмотрите на примеры в openCVскачать, или книгу openCV