Ну, я полагаю, есть шанс , но в целом преимущества намного превосходят недостатки.
В общем
а) это может немного замедлить код, если вы делаете что-то, что будет просто в чистом JS, но в большинстве случаев это все равно было оптимизировано в jQuery. С другой стороны, наивный способ сделать что-то сложное, вероятно, не так быстр, как это сделал бы Рейзиг с коллегами.
b) Это, безусловно, делает код менее переносимым в том смысле, что он будет зависеть от библиотек jQuery. С другой стороны, он будет более переносимым во всех браузерах и версиях, что является более важным фактором.
в) да, это может скрывать некоторую магию javascript. Мой опыт, однако, заключается в том, что в конечном итоге вам все равно придется выучить это; в то же время jQuery делает вашу работу намного продуктивнее, намного быстрее.
(Обратите также внимание, что эти пункты действительно применимы к большинству библиотек. JQuery - мой любимый, но я много пишу с dojo, и с удовольствием использовал prototype, scriptaculous и YUI.)