Вносили ли вы изменения в код в подмодулях или только в код в основном хранилище, не являющемся частью подмодулей?
Если вы внесли изменения в код в подмодулях, вам сначала нужно войти в каждый подмодуль, в который вы внесли изменения, и зафиксировать их в этом подмодуле. После того, как вы это сделаете, вы можете зафиксировать в главном репозитории, и будет записано новое состояние этих подмодулей.
Если вы не меняли какие-либо файлы в подмодулях, только в основном проекте, то нет, вам ничего не нужно делать, связанные с подмодулями, до фиксации.