Я много работаю с Eclipse, я использую Ganymede более года под Linux и иногда под Windows, и ни я, ни кто-либо из моих коллег никогда не сталкивались с такой проблемой.
Я предполагаю, что между мышью и драйверами дисплея есть проблемы, т. Е. Вы случайно нажимаете на другие вещи, когда намереваетесь только взорваться. Можете ли вы попробовать открыть сложенные ветви, выбрав элемент и нажав клавишу +
вместо нажатия в графическом интерфейсе?