Вам необходимо удалить org.eclipse.core.resources из вашей рабочей области:
cd ~/Documents/workspace/.metalog/.plugins
rm -rf org.eclipse.core.resources
Удаляя org.eclipse.core.resources , вы удаляете все метаданные проекта из своего рабочего пространства. Тем не менее, не волнуйтесь, после запуска Eclipse вы можете просто зайти в «Файл -> Импорт -> Импортировать проекты Eclipse» и повторно импортировать все ваши рабочие проекты.