Если вы не выставляете какие-либо конечные точки WCF, то создание сервера WCF не имеет реального значения.
Если вам не нужно, чтобы ваше приложение работало непрерывно, то даже службы Windows может быть больше, чем вам нужно.
Для ситуации, которую вы описываете, я видел, как несколько рабочих приложений использовали планировщик задач Windows для запуска приложения из командной строки. Предполагая, что расписание является простым повторяющимся шаблоном, и вам не нужно создавать много экземпляров задач Windows, это хорошее решение. Его разумная надежность, нулевое время разработки и как можно больше перспектив.