Я решил проблему, определив стиль для ContentControl и привязав Padding к Margin ContentPresenter, определенного в шаблоне.
<Style TargetType="{x:Type ContentControl}">
<Setter Property="Template">
<Setter.Value>
<ControlTemplate TargetType="{x:Type ContentControl}">
<ContentPresenter Margin="{TemplateBinding Padding}"/>
</ControlTemplate>
</Setter.Value>
</Setter>
</Style>
Может быть, это помогает другим.