Для управляемого кода вы можете использовать Reflection для прохождения всех управляемых зависимостей, и Обозреватель зависимостей, на который указал Тенфур, должен помочь с нативным. Проблемы возникнут, когда вы начнете учитывать другие типы зависимостей, которые не так легко проверить: ключи реестра, COM, файлы конфигурации / настройки.
Лучше всего было бы разработать набор приемочных тестов для развертывания на вашем сервере или настроить некоторые этапы подготовки перед отправкой на действующий сервер. Это поможет выявить ошибки развертывания, а также ряд других функциональных дефектов, которые могли проскочить при первоначальном тестировании.