Я могу отлаживать в смешанном режиме в VS2005, установив Тип отладчика в смешанный в Свойствах проекта (на вкладке Отладка). Иногда такие вещи исчезают после хорошей перезагрузки и чистой перестройки.
Если это не сработает, попробуйте подключиться к приложению после его запуска (Debug | Attach to Process). Вы можете выбрать режим отладки, нажав кнопку «Выбрать» в середине рядом с разделом «Присоединить к:».
У вас есть все обновления от Microsoft? Там может быть один, который решает вашу проблему.
В общем, в VS2008 отладка в смешанном режиме работает намного лучше. Я рекомендую обновить, если вы можете. Доступна бесплатная версия, но я думаю, что она каким-то образом ограничена.