Если вам нужно только читать / записывать данные, без каких-либо проверок или манипуляций, выполняемых в базе данных, то оба должны делать это нормально. Файл базы данных Firebird может быть скопирован при условии, что система имеет один и тот же порядок байтов (т.е. вы не можете копировать файл между системами с процессорами Intel и PPC, но с Intel-Intel все в порядке).
Однако, если вам нужно что-то делать с данными, которые выходят за рамки простого чтения / записи, тогда используйте Firebird, поскольку это полноценный сервер SQL со всеми функциями «предприятия», такими как триггеры, представления, хранимые процедуры, временные таблицы и т. д.
Кстати, если вы решите попробовать Firebird, я настоятельно рекомендую вам использовать библиотеку IBPP для доступа к ней. Это очень тонкая оболочка C ++ для C API Firebird. У меня есть около 10 классов, которые инкапсулируют все, и его очень легко использовать.