Я думаю, что ваша проблема связана с используемой кодировкой файла.
Java имеет полную поддержку юникода, поэтому проблем быть не должно, если только файл, который вы читаете (файл, созданный с помощью FileMaker), не кодируется в чем-то отличном от UTF8 (который используется Java по умолчанию).
Вы можете попробовать сохранить файл в другой кодировке или указать, какую кодировку использовать при открытии его из Java (см. здесь ). Многие классы API поддерживают дополнительные параметры, чтобы указать, какую кодировку использовать при открытии файла. Просто взгляните на документацию ..