Поскольку вы можете получить доступ к своим страницам через q = path / to / menu / item, то ясно, что виноват mod_rewrite, а не Drupal.
Чтобы отладить то, что происходит с вашей перезаписью, либо включите журнал перезаписи и задайте -f, когда вы запрашиваете проблемные страницы, либо альтернативно print_r ($ _ GET) вверху индекса. php или page.tpl.php, чтобы увидеть, что на самом деле запрашивается.
Если вам удобно размещать здесь потенциально уязвимый .htaccess, сделайте это, и мы посмотрим на него, чтобы увидеть, есть ли какие-либо неверные конфигурации.