Если вы можете легко перестроить его содержимое, я бы поспорил с его версионированием.
Учитывая одну из основных целей VCS (управлять историей и получать различие между одной версией и другой), история и разность двоичных файлов часто не очень хорошо управляются в VCS.
на эти двоичные файлы лучше всего ссылаться через репозиторий артефактов (например, Nexus), где строительный скрипт (например, Maven) может обращаться к ним и копировать их там, где они необходимы (например, WEB-INF/lib каталог, например).