Просто добавьте файл в ваш проект, как и любой другой исходный файл Java. После того, как Netbeans успешно скомпилировал его, вы можете вызвать код с помощью:
String[] args = { "arg1", "arg2" };
Main.main(args); // Call of static method main()
(где "Main" - это имя класса, содержащегося в вашем файле .java).