Вы можете маршрутизировать все ваши кометные соединения NIO через порт 8080 и вообще обходить apache, а затем использовать apache порта 80 для своего php.
Я использую Jetty для кометы, что является хорошим выбором для кометы, так как это полноценный веб-сервер, который может работать самостоятельно, поэтому Apache не нужен.
Другой вариант - изучить PHP-сервлет Querces для Java, который может помочь устранить Apache, но при этом разрешить вам использовать php.
Надеюсь, что один из этих вариантов или их комбинация помогут вам решить вашу проблему.