Вы используете код, подобный этому?
List<String> ls = new ArrayList<String>();
ls.add("aaa");
ls.add("bbbbb");
FileUtils.writeLines(new File("newfile.txt"), "UTF-8", ls); // same effect as with "null" as encoding
После этого кода у newFile.txt
есть новые строки.
Использование od -a newfile.txt
создает (в Windows):
0000000 a a a cr nl b b b b b cr nl
0000014
, который показывает, что переводы строк действительно существуют.