Мне сказали, что люди, близкие к команде разработчиков Amazon Elastic MapReduce (EMR), имеют как минимум два других преимущества использования EMR: a) Amazon активно применяет исправления ошибок и улучшения производительности для базы кода Hadoop, используемой в EMR и b) Amazon использует высокопроизводительную сеть между серверами EMR и серверами S3, которая может быть недоступна между серверами EC2 и серверами S3.
ОБНОВЛЕНИЕ: см. Комментарии @ mat, опровергающие слухи о преимуществах использования EMR.