Если бы у вас был настроен репозиторий SVN для скрипта, такого как корзина для покупок, как бы вы справились с сайтом, который будет использовать корзину, но также будет содержать пользовательские функции? Вам необходимо управление исходным кодом для пользовательских частей, поэтому вы добавляете новый репозиторий. Вы копируете сценарий репо на сайт? Если вы это делаете и к сценарию применяются исправления ошибок, вам также придется применить их к этому проекту. Было бы лучше иметь собственный скрипт сборки, который получает код из 2 мест? Это будет работать только в том случае, если изменяемый код не является частью первого репо.