Убедитесь, что ваш исполняемый скрипт имеет следующее:
-I/usr/local/cuda/include \
-L/usr/local/cuda/lib64 \
-I/$HOME/NVIDIA_GPU_Computing_SDK/C/common/inc/ \
-L/$HOME/NVIDIA_GPU_Computing_SDK/C/lib -lcutil_x86_64 \
Очевидно, предполагается, что SDK находится в вашем домашнем каталоге.