Зависит от содержимого папки.Если это другие файлы .aspx, довольно просто настроить поставщика ASP.NET Membership для базовой аутентификации и авторизации.Это не так сложно, как может показаться.:)
Для файлов различных типов (.pdf, .xml, .jpg и т. Д.) Вы можете переместить файлы в App_Data (или что-то похожее, выходящее за рамки веб-сайта) и реализовать обработчик загрузки, который проверяет разрешения перед передачей файла.