Я не использовал JPA 2.0 в Glassfish 2.1, но я использовал JPA 1.0 (toplink) со Glassfish 3
Все, что мне нужно было сделать, это включить библиотеку toplink в проект и использовать ее в файле persistence.xml
Вы можете попробовать включить библиотеку JPA2.0 в свой проект, установить поставщика persistence.xml (например, <provider>org.eclipse.persistence.jpa.PersistenceProvider</provider>
) и развернуть его на glassfish 2.1. Это должно работать.