Для ClickOnce тот факт, что вы работаете в среде обслуживания терминала, не имеет значения.Каждый раз, когда пользователь входит в систему на машине, будь то разные машины в среде терминального сервера или разные машины в офисе, он создает новое развертывание под своим профилем.Поэтому, если у вас есть терминальные серверы и 5 разных людей подключаются к одному и тому же терминалу и запускают приложение, у вас будет 5 установленных развертываний.
Даже если вы пометите приложение как только онлайн, оно будет установлено (но толькоесли пользователь может нажать на онлайн-ссылку).
И прежде чем вы спросите, нет способа заставить приложение ClickOnce работать для всех пользователей.(общий вопрос)
Если вас не волнует несколько версий, или все используют один и тот же логин, то он будет работать просто отлично.