Не вижу другого способа, кроме редактирования скриптов или установки типа по умолчанию в MySQL.
Для этого есть ошибка, пожалуйста, проголосуйте за нее,
https://bugs.eclipse.org/bugs/show_bug.cgi?id=214519
EclipseLink поддерживает создание таблиц с postFix, например, engine = InnoDB, в своем методе TableDefinition setCreationSuffix (), но не поддерживает какой-либо способ его генерации и не предоставляет событие или ловушку платформы для генерации таблицы по умолчанию (которая будет очень полезно).
Вы можете использовать EclipseLink DefaultTableGenerator самостоятельно для создания своих таблиц в SessionCustomizer. Вы бы вызвали generateDefaultTableCreator (), затем перебрать его TableDefitions, добавить установленный суффикс InnoDB, а затем сказать ему создать таблицы. Все классы находятся в пакете org.eclipse.persistence.tools.schemaframework.