Поместить элемент div, содержащий прозрачные изображения с более высоким z-индексом, абсолютно поверх анимации?
Просто мысль, может быть совершенно бесполезной для того, что вам нужно.
<div class="animation">
</div>
<div class="mas">
</div>
.animation{height: 200px; width: 200px; position: absolute; top: 0; left: 0;}
.mask{height: 200px; width: 200px; position: absolute; top: 0; left: 0; z-index: 10; background: transparent url('mask.png') 0 0 no-repeat;}