Должна быть вкладка «Программы запуска» в разделе «Системы \ Предпочтения \ Сеансы». Вы просто добавляете свою команду туда. Чтобы заставить его работать от имени пользователя root, вам необходимо предоставить самому владельцу файла права root, выполнив для него chown.