Если вы запускаете проводник с чем-то вроде explorer.exe /separate,::{desktopguid}\::{yourguid}, вы должны получить отдельный процесс для этого окна, и он должен выбрать новые записи реестра (или существующие записи, если вы просто оставите их там, вы можете добавить GetWindowThreadProcessId(GetShellWindow(),...)!=GetCurrentProcessId()проверять и не загружать в «основной» процесс оболочки).
Существуют также некоторые значения реестра, которые можно установить для изменения поведения проводника: DesktopProcess , SeparateProcess и BrowseNewProcess
Чтобы закрыть оболочку без прерывания процесса в taskmgr, используйте этот старый трюк выключения: нажмите «Пуск», а затем «Завершение работы».Удерживайте Ctrl + Alt + Shift и нажмите Отмена