Нет, именно поэтому Windows поставляется с индексированием для ускорения поиска. Файловая система NTFS не была разработана для быстрого поиска.
В любом случае вы можете отслеживать изменения файлов, что не сложно сделать. Если возможно позволить вашей программе работать в фоновом режиме и отслеживать изменения, это будет работать. Если вам нужна прошлая история, вы можете выполнить первоначальное сканирование только один раз, а затем построить свою иерархию из их. Пока ваша программа всегда запускается, она должна иметь текущий снимок и не должна выполнять медленное сканирование.
Вы также можете использовать поиск окон для поиска файлов. Если индексация доступна, то, вероятно, так быстро, как вы получите.