Вы не можете получить доступ к файлу, который находится за пределами вашего веб-приложения таким образом. Этот файл отсутствует в вашем пути к классам, поэтому вы не можете получить его с помощью "ClassLoader". Поместите его в свой classpath (внутри * .war) или получите доступ к нему так:
File f = new File("/absolute/path/to/your/file");
InputStream is = new FileInputStream(f);
Но все же tomcat/webapps
не подходит для файла свойств. Может быть, домашний каталог пользователя? Тогда вы можете получить к нему доступ так:
String home = System.getProperty("user.home");
File f = new File(home + "/yourfile.properties");