Вы не упомянули, какую платформу вы используете.Есть 2 способа, о которых я могу думать.
Самый простой способ - создать файл * .bat (в Windows), содержащий командную строку java YourApp
.
Если вы хотите создать более модный установщик и исполняемый файл, вы можете использовать для этого скрипт NSIS .Поскольку вы используете eclipse, попробуйте EclipseNSIS , чтобы сгенерировать скрипт NSIS, что намного быстрее и проще, чем писать его самостоятельно с нуля.