Хотя это немного дорогой способ (для чего-то большего, я бы переосмыслил это), я бы запустил Python и сделал бы следующее:
filename1 = "WHATEBVER YOUR FILENAME IS"
filename2 = "WHATEVER THE OTHER ONE IS"
file1contents = set(open(filename1).readlines())
file2contents = set(open(filename2).readlines())
if file1contents == file2contents:
print "Yup they're the same!"
else:
print "Nope, they differ. In file2, not file1:\n\n"
for diffLine in file2contents - file1contents:
print "\t", diffLine
print "\n\nIn file1, not file2:\n\n"
for diffLine in file1contents - file2contents:
print "\t", diffLine
Это напечатает разные строки, если они различаются.