У меня есть две разные папки, расположенные не в одной родительской папке.
Возможно ли создать Git-репозиторий, включающий их оба, вместо того, чтобы мне приходилось делать два Git-репозитория по одному для каждой?
Переместите эти каталоги к одному родителю, создайте git-репо и создайте символические ссылки на каталоги по предыдущим путям.
В аналогичной ситуации я также создал скрипт для автоматического создания этих символических ссылок (у меня было многоих больше 2) и добавил в репо.
Это можно сделать, имея папку с жесткими ссылками на две директории, предоставляя им общую родительскую папку.