Есть два способа решить эту проблему:
1) Создайте файл ikvmstub.exe.config, который заставляет ikvmstub.exe работать в .NET 4.0
2) Явно укажите версию mscorlib для использования:
\ ikvm \ bin \ ikvmstub -nostdlib -r: \ windows \ microsoft.net \ framework \ v4.0.30319 \ mscorlib.dll NET_Interface.dll
Обратите внимание, что если вы хотите скомпилировать с ikvmc, вам нужно сделать то же самое (любой из обоих вариантов).