С помощью «Отладка как ...» / «Сборка Ant» вы можете отлаживать только сам скрипт Ant, а не программы Java, которые он может выполнять.
Для этого, AFAIK, вам нужносоздать конфигурацию отладки в Eclipse с теми же параметрами JVM (classpath, командной строкой и т. д.), которые указаны в целевом объекте Ant, с которым вы хотите работать.Это должно быть легко с целевой целью "run.jist.aodvsim", но это может быть сложнее с другими задачами.
Кстати, я нашел ваш пост интересным после поиска вопросов JiST / SWANS в StackOverflow ..извините за 5-месячную задержку!
С наилучшими пожеланиями
Энрико