Кажется, это совершенно правильно. Как вы спрашиваете, я предполагаю, что это не работает, как ожидалось. Вы пытаетесь сделать что-то еще? Если вы хотите упорядочить результат, заключите запросы в разделы
(SELECT s.title AS t From table_stories s WHERE s.title = %$inputbox%)
UNION
(SELECT e.title AS t From table_pages e WHERE e.title = %$inputbox%)
ORDER BY t