Из вашего описания я думаю, что вы применяете анимацию к основному виду (который содержит панели инструментов и веб-представление), а не только к веб-представлению.
Разместите некоторый код, который может прояснить ситуацию..
РЕДАКТИРОВАТЬ:
Как я уже говорил, вы применили анимацию к основному представлению «self.view» вместо веб-представления, и, следовательно, весь вид анимируется ..
[UIView setAnimationTransition:UIViewAnimationTransitionCurlUp forView:self.view cache:NO];
Вместо этого попробуйте применить его к веб-представлению:
[UIView setAnimationTransition:UIViewAnimationTransitionCurlUp forView:self.myWebView cache:NO];