Насколько велик конфигурационный файл, о котором мы здесь говорим? 1к строк? 10k? 1м строк? Если строка, которую вы хотите отредактировать, является последней строкой, просто найдите начало строки, обрежьте там файл и напишите новый. Если это не так ... вам нужно будет прочитать его целиком и написать снова.
Да, и две упомянутые вами опции на самом деле одинаковы (чтение / редактирование / запись).
С третьей стороны, я думаю, что это не имеет значения (если у вас нет странных ограничений, таких как устройство флэш-памяти, которое занимает слишком много времени для записи и имеет ограниченные циклы записи), учитывая размеры большинства файлов конфигурации.