Несколько вещей могут помочь. Я заметил значительно лучшую производительность с Doctrine 2.
Работа с Doctrine 1.2 одна из лучших вещей, которую вы можете сделать, - это гидрировать как можно более простую структуру. У меня были сообщения, что я определенно не мог гидрировать для записи, но работал, находил ли я гидратированный в скаляр или массив.
Кроме этого, убедитесь, что вы используете DQL вместо магических искателей для загрузки объектов. Использование DQL поможет вам загрузить все необходимые вам части графов объектов в одном запросе (см. Отложенную загрузку).
Надеюсь, что это поможет.