Если я правильно вас понимаю, ваша проблема в том, что
String.replaceAll(String, String)
здесь не работает, потому что символы (
, [
, \
имеют специальные значения в регулярных выражениях.
Может быть, вы могли бы просто использовать
String.replace(CharSequence target, CharSequence replacement)
Тогда вам вообще не нужно иметь дело с регулярными выражениями.