Компилятор просто медленный в Flash IDE. Я могу понять медлительность, если у вас много изображений в библиотеке, которые нужно реэкспортировать, но компилятор необъяснимо медленен, когда компилируется только код.
Например, у меня есть супер базовая сцена Away3d, для компиляции которой требуется пять полных секунд (без библиотечных ресурсов). Точно такой же код компилируется во Flex менее чем за секунду. Я не знаю, чем отличаются эти два компилятора, но любой проект с тяжелой базой кода в Flash IDE просто болезнен. По мере роста проекта вам придется ждать дольше и дольше.
Если вы делаете 3D-проект или что-то, что требует много компиляции кода, я рекомендую делать проект только для ActionScript в Flex / Flash Builder. Возможно, у CS5 будет лучший компилятор ...